ในปี พ.ศ. 2536 จังหวัดในภาคเหนือของประเทศไทยโดยเฉพาะจังหวัดเชียงรายได้รับผลกระทบอย่างรุนแรงจากการระบาดของโรคเอดส์  อัตราการติดเชื้อเอชไอวี ในกลุ่มทหารเกณฑ์ในเขตจังหวัดทหารบกเชียงรายสูงถึง ร้อยละ 16.5 ในขณะที่อัตราการติดเชื้อเอชไอวีระดับประเทศมีเพียงร้อยละ 4 ผลจากการระบาดของโรคเอดส์ดังกล่าวทำให้มีจำนวนผู้ป่วยวัณโรคพุ่งสูงขึ้นและมีอัตราการเสียชีวิตสูงถึงร้อยละ 60 ทำให้ในปีเดียวกันนั้น  มีกลุ่มนักศึกษาระดับปริญญาเอกชาวไทยและชาวญี่ปุ่นจากสหสาขาวิชา สนใจศึกษาทำปริญญานิพนธ์ โดยทำการวิจัยเกี่ยวกับวัณโรคและโรคเอดส์ในพื้นที่จังหวัดเชียงราย ถึงแม้ว่ากลุ่มนักศึกษาดังกล่าวได้สำเร็จการศึกษาไปแล้วแต่ได้เล็งเห็นความสำคัญของการทำการวิจัยอย่างต่อเนื่องเพื่อให้ได้องค์ความรู้ที่เป็นประโยชน์ต่อการป้องกัน และการควบคุมวัณโรคและโรคเอดส์ได้อย่างอย่างมีประสิทธิภาพ ในปี 2539 นักวิจัยชาวญี่ปุ่นจึงได้เสนอแผนความร่วมมือวิจัยไปยัง สถาบันวิจัยวัณโรค สมาคมปราบวัณโรคแห่งประเทศญี่ปุ่น (RIT/JATA) ก่อตั้ง “สำนักงานวิจัยวัณโรคเชียงราย” เพื่อดำเนินการศึกษาวิจัยและพัฒนาการควบคุมวัณโรคและโรคเอดส์ โดยความร่วมมืออย่างใกล้ชิดของสำนักงานสาธารณสุขจังหวัดเชียงราย โรงพยาบาลเชียงรายประชานุเคราะห์ และสำนักวัณโรค กรมควบคุมโรค กระทรวงสาธารณสุข

          ต่อมาในเดือนมิถุนายน ปี 2545 นักวิจัยชาวไทยได้รวมกลุ่มจดทะเบียนก่อตั้งมูลนิธิมีฐานะเป็นองค์กรพัฒนาเอกชน ที่ไม่แสวงหากำไรโดย ใช้ชื่อว่า “มูลนิธิวิจัยวัณโรคและโรคเอดส์ (ม.ว.ว.อ.)” TB/HIV Research Foundation (THRF)  ได้รับความร่วมมืออย่างต่อเนื่องจากสถาบันวิจัยวัณโรค สมาคมปราบวัณโรคแห่งประเทศญี่ปุ่น (RIT/JATA) และมูลนิธิฯ ได้ขยายเครือข่ายความร่วมมือไปยังองค์กรต่างๆ ทั้งในระดับพื้นที่ ระดับชาติ และนานาชาติ